Pemburu Varian Berlomba untuk Menemukan Strain Baru Saat Pengujian Tertinggal


Pada tahun lalu, varian yang muncul telah mengubah kalkulus pandemi, memaksa negara-negara kembali mengunci diri dan mempertimbangkan kembali strategi vaksin. Pada dasarnya, ini sekarang adalah perlombaan: Memberikan bidikan ke lebih banyak orang akan membantu memadamkan penyebaran varian dan memperlambat munculnya varian baru. Namun di Afrika, di mana hanya beberapa negara yang sejauh ini menerima sedikit vaksin, proses tersebut diperkirakan akan memakan waktu lebih lama. Dan saat virus terus berkembang biak dan menyebar di antara manusia, virus juga akan terus berubah — dengan implikasi bagi seluruh dunia.

“Ini akan menjadi bergelombang,” kata Christian Happi, direktur ACEGIP. “Di dalam benua itu, kami telah menemukan sejumlah varian utama, dan kemungkinan besar masih banyak lagi.” Bukan hal yang aneh bagi negara-negara Afrika untuk bekerja sama untuk melumpuhkan epidemi, catatnya. Tidak setiap negara memiliki akses ke mesin pengurutan yang memproses genom ini dengan cepat, dan yang memilikinya sering kali mengandalkan satu lab komersial. Jadi, pemerintah dan laboratorium telah belajar untuk berkolaborasi, membentuk jaringan yang menggunakan pusat pengurutan lanjutan seperti miliknya dan de Oliveira untuk menangani penyakit yang muncul, daripada mengirim sampel ke luar negeri. Sejauh ini pada tahun 2021, inisiatif tersebut telah membantu menggandakan jumlah genom virus yang diurutkan di Afrika dibandingkan dengan seluruh tahun 2020, dengan target menghasilkan 50.000 genom pada akhir tahun.

Bahkan saat kapasitas untuk mengurutkan meningkat, prosesnya tetap menantang, kata Happi. Tingkat kasus asimtomatik yang tinggi dan akses perawatan kesehatan yang terbatas berarti tes Covid-19 yang mengarah ke sekuensing genom terbatas di beberapa area. Dan tidak mudah untuk mengumpulkan dan menyimpan sampel dari seluruh negara seperti Somalia dan mengirimkannya ke Nigeria, melalui beberapa pesawat dan penangan, sekaligus menjaganya tetap utuh. Dari beberapa ratus sampel dalam pengiriman baru-baru ini dari Mogadishu, lab hanya mengambil 10 urutan lengkap dari mereka.

Salah satu cara berpikir tentang varian SARS-CoV-2 adalah sebagai rangkaian epidemi di dalam pandemi. Ketika varian pertama kali muncul, atau ketika mereka tiba untuk pertama kalinya di tempat baru, mereka seperti bara, siap terbakar jika ada kesempatan untuk menyebar dan jika mutasinya membuat mereka bersaing dengan strain lain. Tapi bara api juga lebih mudah dipadamkan daripada kebakaran yang meluas. Varian dapat dihentikan di perbatasan, dan wabah di hot spot dapat diidentifikasi dan dibatalkan — asalkan pemburu varian bergerak cepat dan melemparkan jaring yang lebar. “Kami membutuhkan perputaran yang konsisten dan cepat, karena varian ini cenderung mendominasi dengan cepat,” kata de Oliveira. “Anda tidak ingin terlambat enam bulan mengetahui bahwa Anda memiliki epidemi strain yang lolos dari vaksin.”

Jenis pemeriksaan perbatasan yang dilakukan di Angola, respons terhadap lonjakan yang terkait dengan varian yang ditemukan di negara-negara terdekat, adalah contoh yang baik untuk menerapkan pengawasan, kata de Oliveira. Sampel dari bandara telah menghasilkan tidak hanya strain baru, tetapi banyak contoh B.1.351 dan B.1.1.7, varian yang pertama kali diidentifikasi di Afrika Selatan dan Inggris dan sekarang beredar di seluruh dunia. Menurutnya, menangkap kasus-kasus semacam itu lebih awal adalah bagian penting mengapa Angola tidak mengalami lonjakan yang sama seperti yang dialami tetangganya pada awal tahun ini. Melakukan pengawasan di pusat perjalanan juga meningkatkan cakupan keseluruhan; para peneliti tidak memiliki cara untuk melakukan pengawasan genom di Tanzania, misalnya, sampai ketiga pengembara tersebut tiba di perbatasan.

Bahkan ketika varian yang mengkhawatirkan muncul, kemampuan untuk melacaknya berpengaruh pada tindakan kesehatan masyarakat yang dapat diambil pejabat. “Pengurutan sangat membantu karena Anda memahami pola migrasi manusia untuk suatu varian,” kata Happi. Di Nigeria musim dingin ini, misalnya, pemerintah semakin khawatir tentang gelombang yang tidak diketahui asalnya. Awalnya tidak mungkin untuk mengetahui apakah virus itu menyebar lebih cepat, atau jika perilaku manusia adalah penyebabnya. Pengurutan genom mengungkapkan bahwa itu didorong oleh B.1.1.7, varian yang pertama kali diidentifikasi di Inggris, memungkinkan pejabat kesehatan untuk mengidentifikasi titik panas dan, yang terpenting, memberikan penjelasan kepada publik mengapa perlu berjongkok. Demikian pula, ketika para peneliti di Institut Penelitian Virus Uganda mengidentifikasi varian baru yang beredar di sana, pengawasan mengarah pada lebih banyak pengujian di penjara dan rute truk lintas negara, di mana strain ditemukan terkonsentrasi paling padat.

Diposting oleh : joker123