Saat Varian Virus Corona Menyebar, AS Berjuang Untuk Mengikuti


Ini bukan kekhasan yang unik, tetapi seperti banyak tes Covid-19 lainnya, Helix memburu tiga cuplikan genom virus. Salah satu potongan itu ada pada gen S, yang mengkode protein lonjakan yang memungkinkan infeksi virus. Varian B.1.1.7 kebetulan memiliki penghapusan enam huruf pada bagian gen S. Jadi tes untuk orang yang terinfeksi masih menunjukkan hasil positif, tetapi kehilangan sinyal gen S. Para ilmuwan menjulukinya sebagai “putusnya gen S” atau “kegagalan target gen S,” SGTF singkatnya. Ini bisa menjadi jalan pintas yang berguna untuk memperkirakan seberapa luas B.1.1.7 beredar di suatu daerah, tetapi karena varian tidak berbahaya lainnya juga memiliki penghapusan yang sama, satu-satunya cara untuk mengetahui secara pasti adalah dengan urutan.

Setelah Inggris membunyikan alarm di B.1.1.7 pada akhir Desember, Helix mulai mengirim setiap sampel SGTF ke Illumina untuk diurutkan. Saat itu, mereka menemukan sekitar 100 kasus penurunan gen S setiap hari. Dan kebanyakan dari mereka ternyata bukan B.1.1.7. Tapi sekarang, kata Lee, di tempat-tempat seperti Florida dan California Selatan, semua gen S yang putus adalah B.1.1.7. Tidak lagi mungkin untuk mengurutkan semuanya, karena jumlahnya terlalu banyak — setidaknya di dua lokasi tersebut, yang mewakili sekitar 50 persen dari tes yang dilakukan Helix. “Di Florida, kami melihat B.1.1.7 sekarang mewakili sekitar 15 persen dari semua kasus Covid-19 baru,” kata Lee. “Enam minggu lalu, itu kurang dari 1 persen.”

Departemen Kesehatan Florida tidak menanggapi pertanyaan WIRED. Tapi nasib negara bagian itu selama beberapa minggu ke depan mungkin menjadi penentu dari apa yang akan terjadi untuk sisa AS. Menurut CDC, prevalensi B.1.1.7 masih rendah — mendekati 1 persen — di seluruh negeri. Tetapi data Helix menunjukkan titik panas lain mulai muncul, termasuk di Georgia, Texas, dan Pennsylvania. Itu berarti keputusan yang diambil pejabat pemerintah di area tersebut dalam beberapa hari dan minggu mendatang terkait pembukaan kembali sekolah dan bisnis akan menjadi sangat penting. Tindakan untuk memperlambat penyebaran varian yang lebih menular paling efektif selama fase awal sirkulasi.

“Karena kami telah mendeteksinya sejak dini, hal itu memberi kami waktu yang berharga untuk mencoba menurunkan tingkat penularan saat ini dan memvaksinasi sebanyak mungkin orang,” kata Gangavarapu. Kedua metrik itu, katanya, adalah yang akan menentukan apakah AS melihat lonjakan besar karena garis keturunan baru atau tidak. “Ini berpacu dengan waktu,” lanjutnya. “Jika kita tidak melakukan hal-hal itu, gelombang yang lebih besar dari yang kita saksikan musim dingin ini mungkin terjadi. Jika Anda membuka semuanya sekarang, itu hampir pasti akan terjadi. “

Gangavarapu mengatakan tim kolaboratornya telah menemukan banyak B.1.1.7 yang beredar. Namun sejauh ini, upaya pengurutan mereka belum menangkap salah satu dari dua varian yang dicurigai sebagai seniman penghindaran kekebalan terbaik — varian B.1.351 dan P.1, yang masing-masing ditemukan di Afrika Selatan dan Brasil. Menurut data CDC, sejauh ini hanya segelintir yang dilaporkan di AS, kebanyakan pada orang yang baru kembali dari perjalanan. Tetapi impor bukan satu-satunya hal yang perlu dikhawatirkan. Ada juga varian yang tumbuh di dalam negeri.

Jeremy Kamil adalah salah satu orang yang mencari mereka. Seorang ahli virologi di Louisiana State University Health Sciences Center Shreveport, Kamil biasanya mempelajari keluarga cytomegalovirus, tetapi mulai musim semi lalu, dia menggabungkan kekuatan dengan Vaughn Cooper, direktur Pusat Biologi Evolusi dan Kedokteran di Universitas Michigan yang menjalankan sekuensing mikroba startup, untuk mengatur pengawasan genomik untuk SARS-CoV-2 di Louisiana. Selama berbulan-bulan, mereka mengurutkan ratusan sampel dari tes virus korona yang dikumpulkan secara acak dari seluruh negara bagian, mengamati sesuatu yang tidak biasa. Pada 27 Januari, Kamil menyadari hal itu dengan tepat — sekumpulan sampel yang semuanya mengandung mutasi yang belum pernah dilihatnya sebelumnya. Ketika dia melihat lebih dekat, dia melihat bahwa setiap virus mutan terkait erat — semuanya berasal dari garis keturunan genetik yang sama. Dan meskipun garis keturunan itu masih cukup muda, hanya pada awal Desember dalam datanya, itu tumbuh lebih umum setiap hari.

Diposting oleh : joker123