Tanpa Kode untuk Protein AI DeepMind, Lab Ini Menulis Sendiri


Tanpa sepengetahuan mereka, di DeepMind, sebuah makalah ilmiah ekstensif yang merinci sistem mereka sudah ditinjau di Alam, menurut John Jumper, yang memimpin proyek AlphaFold. DeepMind telah mengirimkan naskah mereka ke Alam pada 11 Mei

Pada saat itu, komunitas ilmiah hanya tahu sedikit tentang garis waktu DeepMind. Itu berubah tiga hari setelah pracetak Baker tersedia, pada 18 Juni, ketika CEO DeepMind Demis Hassabis turun ke Twitter. “Kami telah bekerja keras di atas kertas metode lengkap kami (saat ini sedang ditinjau) dengan kode sumber terbuka yang menyertainya dan dalam menyediakan akses gratis yang luas ke AlphaFold untuk komunitas ilmiah,” tulisnya. “Lebih segera!”

Pada tanggal 15 Juli, pada hari yang sama dengan terbitnya makalah Baker’s RoseTTAFold, Alam merilis naskah AlphaFold2 yang belum diedit tetapi ditinjau oleh rekan sejawat. Secara bersamaan, DeepMind membuat kode untuk AlphaFold2 tersedia secara bebas di github. Dan seminggu kemudian, tim merilis database besar dari 350.000 struktur protein yang telah diprediksi dengan metode mereka. Alat prediksi protein revolusioner, dan sejumlah besar prediksinya, akhirnya berada di tangan komunitas ilmiah.

Menurut Jumper, ada alasan dangkal mengapa makalah dan kode DeepMind tidak dirilis sampai lebih dari tujuh bulan setelah presentasi CASP: “Kami belum siap untuk membuka sumber atau mengeluarkan makalah yang sangat mendetail ini hari itu,” katanya . Setelah makalah tersebut diserahkan pada bulan Mei, dan tim sedang mengerjakan proses peer review, Jumper mengatakan bahwa mereka mencoba untuk mengeluarkan makalah tersebut sesegera mungkin. “Sejujurnya kami telah mendorong secepat yang kami bisa,” katanya.

Naskah tim DeepMind diterbitkan melalui AlamAlur kerja Pratinjau Artikel Dipercepat, yang paling sering digunakan jurnal untuk makalah Covid-19. Dalam sebuah pernyataan kepada WIRED, juru bicara untuk Alam menulis bahwa proses ini dimaksudkan sebagai “sebagai layanan kepada penulis dan pembaca kami, dalam kepentingan membuat penelitian peer-review yang sangat penting dan peka waktu tersedia secepat mungkin.”

Jumper dan Pushmeet Kohli, pemimpin tim sains DeepMind, keberatan tentang apakah makalah Baker menjadi faktor waktu penelitian mereka. Alam publikasi. “Dari sudut pandang kami, kami berkontribusi dan menyerahkan makalah pada bulan Mei, jadi itu di luar kendali kami, dalam beberapa hal,” kata Kohli.

Tetapi penyelenggara CASP, Moult, percaya bahwa pekerjaan tim Universitas Washington mungkin telah membantu para ilmuwan DeepMind meyakinkan perusahaan induk mereka untuk membuat penelitian mereka tersedia secara bebas dalam skala waktu yang lebih singkat. “Perasaan saya mengenal mereka—mereka adalah ilmuwan yang benar-benar luar biasa—adalah bahwa mereka ingin bersikap seterbuka mungkin,” kata Moult. “Ada beberapa ketegangan di sana, karena ini adalah perusahaan komersial, dan pada akhirnya harus menghasilkan uang.” Perusahaan yang memiliki DeepMind, Alphabet, memiliki kapitalisasi pasar tertinggi keempat di dunia.

Hassabis mencirikan rilis AlphaFold2 sebagai manfaat bagi komunitas ilmiah dan Alphabet. “Ini semua ilmu pengetahuan terbuka dan kami memberikan ini kepada umat manusia, tanpa pamrih, sistem, kode, dan basis datanya,” katanya dalam sebuah wawancara dengan WIRED. Ditanya apakah ada diskusi tentang menjaga kerahasiaan kode untuk alasan komersial, dia berkata, “Adalah pertanyaan bagus bagaimana kami memberikan nilai. Nilai dapat disampaikan dalam banyak cara berbeda, bukan? Yang satu jelas komersial, tapi ada juga prestise.”

Baker dengan cepat memuji tim DeepMind atas ketelitian rilis makalah dan kode mereka. Dalam arti, katanya, RoseTTAFold adalah lindung nilai terhadap kemungkinan bahwa DeepMind tidak akan bertindak dalam semangat kolaborasi ilmiah. “Jika mereka kurang tercerahkan dan memutuskan untuk tidak— [release the code], maka setidaknya akan ada titik awal bagi dunia untuk membangun,” katanya.

Diposting oleh : joker123